CAPFITOGEN3 modo local

Local

Bienvenido a CAPFITOGEN3 modo local

Esta es la versión más reciente, modo local, lo que significa que el usuario deberá descargar e instalar software, carpetas y archivos en su PC y así analizar su información de manera local. Sólo se requerirá conexión a internet para la descarga de los instaladores de software y conjuntos de datos preparados para esta versión. El modo local sólo se ha probado funcionando sobre el sistema operativo Windows, pero podría funcionar en otros sistemas siempre que se descarguen los instaladores de software apropiados para dichas versiones. A diferencia de la versión 2.0, CAPFITOGEN3 modo local no usa una interfaz en forma de formulario web, dado que la instalación y funcionamiento del mecanismo de servidor virtual conectando la interfaz con R ha dado problemas para algunos usuarios. La nueva versión expone los scripts (líneas de programación) a los usuarios, quienes podrán configurar y ejecutar las herramientas sin necesidad de conocimientos previos sobre R y su lenguaje. Esto se logra con un script donde el usuario configura cada parámetro (como antes lo hacía en el formulario) hasta que produce todos los objetos que el script de la herramienta correspondiente va a usar para ejecutar las funciones y producir los resultados esperados. Si desea información más detallada sobre cómo usar CAPFITOGEN3 modo local, aquí puede descargar un texto explicativo.

Pasos para instalar CAPFITOGEN3 modo local

En resumen, el  usuario debe descargar un conjunto de carpetas y archivos necesarios para la ejecución de las herramientas, el núcleo de CAPFITOGEN3 que son los scripts, y los instaladores de R y Rstudio. Esta versión en modo local requiere además que el usuario haya descargado e instalado R y RStudio desde los siguientes links: R 3.6.3:  https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/3.6.3/ RStudio desktop (versión gratuita):  https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download Una vez instale estos programas, puede descargar el conjunto de carpetas y archivos para instalar localmente en su PC desde aquí. Descargará un archivo llamado “CAPFITOGEN3.zip” (2 Gb). Al descomprimirlo en una ruta de su disco duro (se recomienda que lo haga directamente en la raíz del disco), obtendrá una carpeta llamada “CAPFITOGEN3″ y dentro de ella todo el conjunto de carpetas y archivos necesarios para ejecutar las herramientas. Ahora se debe descargar el conjunto de paquetes para R que requieren los scripts de las herramientas. Para ello descargue desde aquí el archivo “library_forR3.6.3.zip” (162 Mb). Luego de descomprimirlo, obtendrá una carpeta llamada “library”, la cual debe reemplazar otra carpeta llamada de igual forma, y que está en el sitio donde instaló R (que en el SO Windows suele estar en la ruta C:\Program Files\R\R-3.6.3). Para reemplazarla, primero elimine la carpeta “library” de su instalación original de R, y luego copie y pegue allí la carpeta “library” que descargó. Finalmente descargue el archivo “scripts.zip” (249 Kb) desde aquí,  Al descomprimir este archivo, encontrará allí las carpetas con los scripts de parámetros (español e inglés) y los scripts de herramientas. Las carpetas de los scripts se pueden ubicar donde el usuario desee, y ya con solo hacer doble click sobre alguno de los scripts allí guardados (identificados con el nombre de cada herramienta), puede iniciar el proceso de ajuste de parámetros y ejecución de la herramienta. Para más detalles sobre cómo utilizar CAPFITOGEN3 modo local en RStudio, descargue este documento.

Para usar la herramienta Modela

El proceso de actualización y mejora de los scripts de las herramientas CAPFITOGEN se logró con todas las herramientas excepto Modela, que de momento requiere para su correcta ejecución de R versión 3.1.2 (que se puede descargar desde aquí), y del mismo conjunto de paquetes para R que usaba CAPFITOGEN versión 2.0 (que se pueden descargar aquí). Una vez haya podido abrir en RStudio la versión 3.1.2 de R, y haya reemplazado la carpeta “library” de la instalación original de R 3.1.2 por  la carpeta “library” contenida en el archivo library_forR3.1.2.zip, logrará realizar procesos con la herramienta Modela. Intentar ejecutar Modela desde una versión de R posterior a 3.1.2 (como R 3.6.3), generará errores debidos al paquete biomod2.

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